▶ 제1편

-THINGS CHANGE-변화하는 것들
비밀은신처가 있는 거북들의 지하세계에서 큰 무리의 침략자들이 거북들을 공격하였다.
위험한 강철로 된 침략자들은 하수관 지붕 밑의 은신처를 함몰시켰다. 그러는 와중에 최고의 훈련된 닌자와 퍼플드래곤 갱들과 하수관 터널을 붕괴하라는 거래를 하는데…

-A BETTER MOUSETRAP-더 좋은 쥐 덫
스톡맨 박사는 천재 과학자이며 발명가이다. 그는 도시의 쥐를 박멸하려고 한다.
그러나, 스톡맨박사의 조수 오닐은 박사의 음모을 알게 되고 스톡맨의 지하 시설물에선 침략을 목적으로 만들어진 로봇들이 있는 사실을 폭로한다. 이에 스톡맨은 그녀를 가두게 되는데 어디서 나타났는지 4마리 거북이들에 의해 구출되어 지는데…

-ATTACK OF THE MOUSERS-적들의 공격
구출되어진 오닐은 말을 하는 거북이들과 신적인 쥐와 현실적인 문제를 의논하게 된다.
또한 변종의 어린 거북에게 적들의 악행을 듣게 되고, 악랄한 적인 스톡맨과 그의 침략 로봇의 거래의 응하게 되는데…

▶ 제2편

-MEET CASEY JONES-캐시 존스를 만나다
라파엘은 미켈란젤로, 스플린타와 함께 작은 소굴에 갇혀 있다가 미켈란젤로가 두들겨 맞었을 때 라파엘은 탈출을 하여 그들을 구해낸다. 반면에 케이시를 만나서 운좋게도 둘은 한밤중 센트릴 파크에 퍼플 드래곤의 덫 놓는 일을 도모한다.

-NANO-나노
과학자들은 힘센 나노 테크 괴물을 풀어주고 그것들은 신체 파괴를 시작한다.
범죄의 대상이 된 에이프릴은 새로운 골동품 가게에서 붙잡혔지만 거북이들이 그녀를 구출하려 온다. 거북이들은 최대한 빨리 푸트 집단을 물리치고 다시 재계 할 수 있을까?
그것은 바로 나노 매틱을 잘게 자르고 부순 다음 퓌레 스프를 만드는것처럼 쉬운 것은 아닌데…

-DARKNESS ON THE EDGE OF TOWN-어둠속의 침략자
푸트 닌자는 일본의 기념적인 칼을 메트로 폴리탄 미술 박물관에서 훔친다.
그 칼은 표현할 수 없는 파괴의 힘을 가지고 있다. 거북이들은 나쁜 목적을 가지고 있는 푸트가 칼을 낚아 챈 것을 발견하고는 싸우는데 그들의 막강한 무기로 인해 많은 손실을 보게되어 후퇴하게 되는데…

▶ 제3편

-THE WAY OF INVISIBILTY-보이지 않는 위협
적들은 더 빠르고, 더 힘쎄며 모든지 부셔 버릴 수 있는 인조 군대를 늘린다. 라프는 아이들을 유괴하여 거북이들의 소굴을 알기 위해 심문하지만 케이시는 도망치면서 다른 거북이들에게 경고를 한다. 라프는 그의 포획자로 부터 탈출하지만 푸드테크 닌자들은 아무도 모르게 뒤를 밟는데..

-FALLEN ANGEL-타락한천사
거북이들과 케이시는 퍼플드래곤 강도를 부수려고 밤에 훈련에 열중한다. 한편, 천사 중 하나는 나쁜 길로 가려고 결심을 하는데 케이시가 그것을 알고 천사를 구출하려고 종교의식중에 뛰어든다. 거북이들은 케이시를 구출하고 가장 드래곤 즉 훈이라는 산 같은 리더와 맞서서 싸워야 하는데…

-GARBAGEMAN-쓰레기 같은 인간
소년들이 가출한 친구들과 아울러 밤거리를 활보한다는 소문이 나돈다. 몇몇 쓰레기 같은 형사들은 가출한 아이들을 노예로 삼으며 쓰레기 재단의 지배자 자리에 있는 자를 찾는다.
곧 거북이가 나타나 쓰레기를 치울 시간이 되었는데…

▶ 제4편

-THE SHEREDDER STRIKES PART.1-슈레더와의 전투1
슈레더에게 레오날도는 싸움을 하라고 권유하고, 그는 부시도와 신지수의 전통을 잇는다.
거북이들은 슈레더를 지지하고 레오날도는 스플린더가 슈레더와 훈에 대해 무엇을 알고 있는지를 폭로하기 전까지 다른 이들을 설득한다. 그들은 스플린더의 주인 요시를 제거 할 수 있을 것인가?

-THE SHEREDDER STRIKES PART.2-슈레더와의 전투2
네 명의 거북이들은 슈레더와 무서운 적군들과 대결한다. 피곤한 싸움으로 거북이들은 슈레더와 맞설 힘이 없어지고 그 과정에서 각자 흩어져 버린다. 그들은 살아 날 수 있을까?
그들은 다시 만나서 슈레더와 맞설 수 있을까? 아마도 스플린더가 그들을 지켜준다면…

-THE UNCCNVINCING TURTLE TITAN-거북신타이탄
거북이들은 도시를 위해서 더 많은 일을 할거라 결심한다. 그리고 초영웅 아이콘인 실버 센트라로 영감이 생긴 미켈란젤로는 초영웅이 되려고 결정하지만, 곧바로 초인적을 능력을 가진다고 해도 아무 것도 할 수 없다는 것을 알고 기운이 빠진다. 실버 센트라의 부작용으로 이상한 증상이 일어난다. 그는 실버 센트라의 부작용에서 벗어나 자신의 삶을 위해 싸워야 하는데…

SPECIAL FEATURES

-각 거북이들의 프로필
-닌자거북이 메이킹
-스케치 진행과정
-피타레어드와의 인터뷰