야만의 땅 라틴 아메리카에 진리를 전하고자하는 산 크를로스 선교회 소속의 가브리엘 신부는 몇 동료 신부들의 죽음으로 결국 험악한 지형의 폭포수 위에 사는 과라니족들을 선교하는데 성공한다. 용병 출신의 원주민들을 팔아버리는 야만성을 서슴없이 하는 노예상인 로드리고는 자신의 부인과 동생이 서로 사랑함을 알고 격분해 결국 동생을 죽이고 만다. 그는 그런 식민지적 잔혹성에 반성을 했다기 보다는 동생을 죽였다는 죄책감으로 가브리엘 신부를 따라 사죄의 길을 걷는다. 과라니족은 자기의 형제를 팔아 넘긴 로드리고를 용서하고 로드리고는 가브리엘을 도와 원주민들만의 복음으로 가득 찬 왕국을 건설하려 한다. 하지만 교황청은 스페인과 포르투칼의 이권 다툼에 끼여 폭포위, 보금의 땅을 초토화시키는 것을 묵인하고 만다. 새로운 영토 분계선에 따라 과라니족의 마을은 무신론의 포루투갈 식민지로 편입되고, 선교회를 해체하기로 한다. 불응하는 과라니족과 일부 신부들을 설득하려는 추기경이 파견되지만 결과는 포루투갈 군대와 맞서 싸우는데...