[DISC 1]
#1. THE ENEMY WALKS IN
전 시즌에 타이베이에서 윌을 구하고 카시노의 연구실을 폭파한 시드니는 카시노의 부하에게 잡힌다. 드디어 모습을 드러낸 카시노의 상관은 놀랍게도 시드니의 엄마 이리나 드레브코. 그러나 이리나는 시드니에게 총을 겨누는데….

#2.TRUST ME
CIA에 투항한 이리나는 시드니 외에는 말하지 않겠다며 입을 다물고, 특별 수사팀의 켄달은 시드니가 엄마를 만나기를 단호하게 거절하자 본에게 상부의 허락 없이 타이베이에 갔던 일을 들추며 협박한다. 이리나의 조직에서 협박에 사용하던 디스켓을 찾으러 가라는 SD-6의 명령을 받은 시드니는 금고를 열기 전에 화재 경보기를 울려야 한다는 이리나의 말을 무시했다가 경보가 울리는 바람에 디스켓을 빼돌리지 못하고 SD-6에 넘겨주게 되는데….

#3. CIPHER
시드니는 애써 손에 넣은 T-웨이브 카메라가 개발 원형일 뿐이라는 걸 알고 실망하지만, 샤크가 이미 카메라를 받았고, 위성에 장착해 궤도로 쏘아 올리려는 계획임을 알게 된다.
시드니는 위성 발사 기지에 잠입해 CIA가 제공해 준 회로를 장착하는 데 성공하고, 샤크가 찾고 있는 것이 바로 시베리아 벌판 얼음 동굴 속에 숨겨져 있는 램발디의 뮤직 박스임을 알게 되는데….

#4. DEAD DROP
간신히 얼음물에서 살아난 시드니는 슬론에게 뮤직 박스를 샤크에게 뺏겼지만 모두 부식돼 어차피 쓸모가 없었다고 보고한다. 그러나, 슬론은 뮤직 박스에 미련을 갖고 샤크의 행방을 추적한다. 결국 샤크는 놓치지만 SD-6는 샤크에게 잡혀 고문을 받고 있던 이리나의 심복 릭터를 구하게 되는데….

[DISC 2]
#5. THE INDICATOR
이리나 드레브코가 폭약을 설치되어 있다는 사실을 숨겼다고 증명이 되자 CIA와의 계약을 어긴 것이 되어 더 이상 신변보호를 받을 수 없게 된다. 이리나는 재판을 받게 되고 그동안 저지른 살인을 근거로 검사 측은 사형을 구형하려 한다. 엄마의 배신을 계기로 시드니는 아버지와 더욱 가까워지게 되는데….

#6. SALATION
이리나는 잭의 모함으로 구속되지만, 사실을 밝히기 보다는 유죄를 인정하고 사형을 받기로 결정한다. 한편, 자신의 스파이로 프로그램해 키웠다는 사실을 알고 아버지에게 분노한 시드니는 아버지의 역할을 부국장 데블린에게 알리기로 결정하는데….

#7. THE COUNTER AGENT
본은 타이베이에서 램발디 기구가 폭발했을 당시 바이러스에 감염되었으며, 이제 그 증상이 나타나기 시작한다. 시드니는 본의 병을 치료할 혈청을 구하기 위해 이리나에게 묻고, 이리나는 혈청의 위치를 알려 준다. 간신히 연구실에 도착한 시드니는 혈청을 제조하는 순간 경보가 울린다는 사실을 알게 되지만, 위험을 무릅쓰고 혈청제조기를 작동하고, 샤크의 손에 잡히게 되는데…

#8. PASSAGE, PART 1
시드니와 딕슨은 샤크가 제공한 정보를 토대로 국제 정보 밀매상에게서 우즈베키스탄 군의 암호 코드를 미지의 암호 코드를 구해오라는 명령을 받는다. 샤크가 잭에게도 비밀로 하라고 슬론에게 권한 덕분에 잭과 시드니는 슬론이 왜 외국 군대의 암호코드를 원하는지 알 수 없다. 시드니는 이리나에게 묻지만, 이리나는 자신을 직접 보내 주지 않으면 밝힐 수 없다고 고집하는데….

[DISC 3]
#9. PASSAGE, PART 2
반군에게 들켜 장비를 모두 잃어버린 시드니 일행은 겨우 잭이 알고 있는 CIA 연락원을 찾아가지만 공급책이 죽은 관계로 제대로 장비를 공급받지 못한 채 무작정 반군 기지로 향하게 된다.그러나 이들이 통신이 두절된 상황에 있는 동안 인도 정부는 파키스탄 반군의 손에 핵폭탄이 들어간 사실을 알고 선제 폭격을 하기로 결정하는데….

#10. THE ABDUCTION
리서치 능력을 인정받은 윌은 CIA 리서치 요원이 되기 위해 심리 테스트를 받게 된다. 이리나는 18살에 KGB에 들어가 요원이 됐으며, 이념이 딸보다 우선이라고 생각한 자신이 어리석었다고 털어놓는다. 첫 임무를 망친 샤크는 슬론의 의심을 받자, 쿠베가 갖고 있는 감시 장치에 대한 정보를 제공하는데….

#11. A HIGHER ECHELON
케인은 점차 잭을 범인으로 지목해 올가미를 조이고, 마샬의 실종으로 에슐론 프로그램이 다시 쿠베의 손아귀에 돌아갈 가능성이 생긴다. 설상가상으로 마샬은 실종되기 전, 에슐론 프로그램을 여러 뭉치로 나누어 SD-6로 보내, SD-6의 손에도 프로그램은 들어가게 되는데….

#12. THE GETAWAY
시드니와 딕슨은 트라이어드에서 제작한 자이로스코프의 원형을 입수하기 위해 니스로 향하고, 마이클과 웨이스는 가짜를 만들어 바꿔치기 위해 공항에 대기한다.가짜를 제작하는 동안 시드니와 마이클은 함께 저녁 식사를 하기로 하는데 케인의 수하들이 마이클의 정체를 알아내고 습격한다. 겨우 빠져나오긴 했지만 마이클은 의심을 받지 않으려면 SD-6에 진짜를 넘겨주라고 시드니에게 지시하는데….

[DISC 4]

#13. PHASE ONE
슬론이 사라지자 SD-6에 새 부장이 온다. 전직 독일 비밀요원 출신의 가이거는 오자마자 슬론의 비밀 파일을 들추기 시작하고, 샤크의 귀띔으로 시드니는 그동안 비밀로 되어있던 47번 서버가 있다는 사실을 알아내는데….

#14. DOUBLE AGENT
CIA의 명령으로 유전자 변형을 연구하는 마코빅 박사에 접근해 수사를 하던 요원 엠마가 발각되자 애인이자 동료인 레녹스 요원으로 외모를 바꾼 마코빅 박사는 TV 방송국 앞에 엠마를 폭약으로 묶어 던져 놓는다. 엠마의 폭발 장면은 TV로 생중계되고, 사건을 조사하던 합동 수사대는 함께 일하던 레녹스 요원이 카요 콘차에 잡혀있다는 정보를 입수하고 구출에 나서는데….

#15. A FREE AGENT
시드니의 졸업식 날. 시드니는 CIA에 사직서를 내지만 켄달은 받아들일 수 없다고 잘라 말하고, 시드니와 언쟁을 벌인다.켄달은 시드니가 그만두면 엄마를 만날 권리를 상실하게 된다고 하지만, 이리나는 자기 때문에 시드니가 남는다면 시드니를 보지 않겠다고 한다. 그러나 슬론이 수학자 카플란을 납치해 램발디의 유물로 무기를 조립한다는 사실을 알게 된 시드니는 사표를 반납하고 슬론을 찾아 나선다.

#16. FIREBOMB
슬론을 놓친 시드니는 분을 삭이지 못하고, 슬론이 아프가니스탄의 카비르란 족장의 기지에 있다는 사실을 알게 되지만, 정확한 위치를 아는 사람은 한 때 카비르의 기지에 잠입했던 딕슨 뿐이다.그러나 딕슨은 시드니의 요청을 단호하게 거절하는데….

[DISC 5]
#17. A DARK TURN
시드니는 엄마에 대한 말이 나올 때마다 본이 냉랭해지는 걸 느끼지만 본은 그에 대해 이야기하길 거부한다. 본부로 불려간 시드니는 CIA가 본을 조사하고 있다는 것을 알게 된다. CIA는 지난 6개월간 본은 전직 소련 스파이들과 살인 청부업자 등과 접촉하고 있다는 증거를 갖고 있다고 시드니에게 이야기 하는데…..

#18. TRUTH TAKES TIME
손을 잡은 슬론과 이리나는 유전자 데이터베이스를 입수하기 위해 나선다. CIA는 잭에게 특별 수사대의 작전 책임을 맡기기로 결정하고, 이리나의 추적기를 제거하는 동시에 일정 시간 후에 작동하는 송신기를 대신 삽입했다는 잭의 말을 들은 켄달은 불 같이 화를 내는데….

#19. ENDGAME
에밀리를 잃은 슬론은 프랜시를 시켜 윌을 통해 작전 당시의 위성 영상을 입수하고 딕슨이 에밀리를 쏘았다는 걸 알게 된다. 한편, 실마리를 찾던 시드니는 납치된 카플란의 부인 엘사를 찾아가 최면요법을 제안하지만 거절당한다. 카플란의 주변을 조사하던 시드니는 집으로 걸려온 전화에 주목하고, 카플란이 소련 정보국과 관련이 있음을 알아내는데….

#20. COUNTDOWN
램발디의 예언에 따라 36시간 후에 대재앙이 올 수 있다는 사실이 밝혀지면서 국가 안전 보장국의 부국장이 임시로 본부를 지휘하게 된다. 딕슨은 아내의 죽음에 따른 충격으로 진정제를 복용하면서도 슬론을 찾는 일에 끝까지 참여하기를 고집한다. 작전 중 과잉 폭력을 목격한 본은 딕슨이 약물 검사를 받도록 하고, 심리 상담 담당인 바넷 박사의 호출을 받은 시드니는 딕슨을 위해 거짓말을 하는데….

[DISC 6]
#21. SECOND DOUBLE
위성의 정보 유출을 조사하던 CIA는 윌의 아이디로 두 곳에서 동시에 로그인 된 사실을 알아내고 윌을 첩자로 지목해 체포한다. 시드니는 윌의 결백을 믿지만, 프랜시의 최면으로 기억이 희미해진 윌을 확신할 수가 없다. 잭은 윌이 더블일 수 있다는 가능성을 제기하고, 시드니는 윌의 결백을 증명하기 위해 더블의 대상이 된 또 한 사람의 정체를 밝히기에 나서는데….

#22. THE TELLING
이리나는 시드니에게 더블의 유전자 지도를 보내주고, 윌의 혐의가 풀린다. 하지만 이리나의 정보에 따라 램발디 유물이 보관되어 있다는 취리히의 창고를 습격한 CIA는 부엌기기들만 발견한다. 그 사이 디 레그노의 심장을 해군기지로 가져가던 잭은 슬론에게 잡혀가고, 슬론은 드디어 램발디의 최고작을 조립하기 시작하는데…