앨리 애로위(Dr. Eleanor Arroway: 조디 포스터 분)는 어린 시절, 밤마다 모르는 상대와 교신을 기다리며 단파 방송에 귀를 기울이던 소녀였다. 어려서 돌아가신 어머니의 얼굴 조차 모르고, 자신의 관심 분야를 적극적으로 지원해 주던 아버지 마저 돌아가신 후, 그녀는 자신이 찾고자 하는 절대적인 진리의 해답은 과학에 있다고 믿게 된다. 어려서부터 수학과 과학에 천부적인 재능을 보인 그녀는 대학을 모두 장학금으로 졸업한 수재 과학도가 된다. 그녀는 ‘이 거대한 우주에 우리만 존재한다는 것은 공간의 낭비다’라는 신념으로, 진리 탐구의 영역을 우주로 넓혀 외계 생명체의 존재를 찾아내는 것을 궁극적 삶의 목표로 삼게 된다. 
그러던 앨리는 일주일에 몇시간씩 위성을 통해 외계 지능 생물의 존재를 계속 탐색한다. 그러던 어느날 아침, 그녀는 드디어 베가성(직녀성)으로부터 정체 모를 메세지를 수신받게 된다. 그것은 1936년 나치 히틀러가 올림픽 중계 방송이 나간 이후 다시 지구로 수신된 것인데, 그 프레임 사이 사이에 수만장의 디지털 신호가 담겨있었다. 마침내 디지털 신호의 암호가 해독되고, 그 결과 그 신호는 은하계를 왕례할 수 있는 운송 수단을 만드는데 필요한 설계도였다. 전세계는 이 설계도로 인해 희망과 두려움 속에 휩싸인다. 새로운 천년 왕국이 도래할 것인가, 아니면 아마게돈의 대 혼돈이 시작될 것인가?